Dentro del mobiliario destaca el Retablo mayor, severa obra barroca realizada entre los años 1655-1657 por Antonio de Alloitz, uno de los retablos más grandes de Bizkaia. Está distribuido en tres calles y cuatro entrecalles. En él aparecen diferentes imágenes de ángeles, escenas de la vida de San Juan y los cuatro evangelistas. Hay que destacar la Andra Mari Nuestra Señora de Isasi, una imagen gótica de la segunda mitad del siglo XIV. Además de éste podemos encontrar otros cuatro retablos de gran importancia, el de la Dolorosa, el del Sagrado Corazón, el de Nuestra Señora de Loreto y por último el de San Antonio.

La Iglesia de San Nicolás de Bari en Zaldu, es un viejo templo alzado a principios del siglo XVI. El interior y la cubrición serían renovados en 1699. En su interior algunas piezas de calidad como son una Andra Mari gótica y una Inmaculada de la escuela de Alonso Cano.

Una de las ermitas con más carisma de Gordexola es probablemente el Santuario de Nuestra Señora de Isasi, posiblemente de siglo XIII, de planta rectangular, con coro y Pórtico a los pies. Un arco de medio punto separa el Presbiterio de la única nave. Los muros son de mampostería y se ha sacado la piedra sillar. Merece especial atención el banco de piedra a todo lo largo de la pared del templo, así como su bello púlpito.

La amatxo de Isasi es la Patrona del Valle de Gordexola, muy venerada por el pueblo, que celebra esta fiesta el primer domingo de julio.

La iglesia de San Juan de Berbikez o “San Juan de arriba”, popularmente conocida como “San Cosme”, es una de las Iglesias más antiguas de Bizkaia. Se encuentra situada en la ladera del Ilso, en el paso de Gordexola a Zalla, en un lugar abierto y acondicionado como área recreativa. Es de planta rectangular y bóveda de crucería, con numerosos vanos para una buena iluminación natural; suelo en tres niveles, enlosado, baldosas de tierra cocida y madera. Aún conserva el púlpito y la pila bautismal.